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Cette période de l’histoire reste assez sombre car peu de preuves et de traces révèlent les us et coutumes des peuples amérindiens présents sur l’archipel avant l’arrivée des européens.
Comme les autres îles des Petites Antilles, on suppose que la Guadeloupe était occupée par des groupes amérindiens dès 1600 avant J.-C. Des traces de culture sur brûlis ont été récemment découvertes sur Marie Galante.
Les Arawaks
Les Arawaks, seraient arrivés en pirogue dans les Antilles depuis le Nord du Venezuela, au début de l’ère chrétienne. Ils y introduisent alors l’agriculture sur brûlis et la culture du manioc, qui constitue avec la chasse et la pêche, les principales sources de subsistance. Pour s’abriter, ils construisent des petits villages constitués de carbets. Cette période sera notamment marquée par la fabrication des céramiques dites « troumassoïde ». Ces céramiques leurs servaient notamment pour à contenir le manioc. De nombreux vestiges de ces céramiques ont été retrouvés dans les petites Antilles.
Les Caraïbes
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L’autre peuple qui aurait envahi les îles de Guadeloupe serait les Kalinagos, également appelés Caraïbes. Selon le mythe, à leur arrivé ils auraient massacrés les Arawaks. Selon les écrits de Christophe Colomb, ces derniers auraient fait une description terrifiante des Caraïbes qui auraient pratiqués le cannibalisme. Ce mythe a néanmoins été démenti par le père Raymond Breton , premier ethnographe des amérindiens et auteur du dictionnaire français Caraïbes au 17è siècle. Il se pourrait bien que les Arawaks et Caraïbes formèrent un seul et même peuple. C’est à cette époque que le nom de « Karukéra », en indien Caraïbes « l’île aux belles eaux », a été donné à la Guadeloupe.
Malgré la signature du traité au Fort St-Charles de Basse Terre en 1660, par les représentants français, anglais et une quinzaine de chefs amérindiens qui accorde aux Caraïbes le statut « d’entité nationale », les amérindiens vont finalement peu à peu disparaître. En moins de deux siècles, le peuple sera anéanti notamment par les soldats du gouverneur français Charles Houël et contaminé par la maladie. Quelques rescapés seront chassés sur l’île la Dominique où quelques descendants vivent encore aujourd’hui.
